Eugeen Schreurs studeerde musicologie aan de KU Leuven en behaalde nadien eerste prijzen kamermuziek en viola da gamba (Wieland Kuijken) aan het Koninklijk Conservatorium in Brussel. Als gambist was hij actief in diverse ensembles oude muziek en realiseerde hij tientallen opnames. Tussen 2002 en 2009 was hij directeur van Resonant, Centrum voor Vlaams Muzikaal Erfgoed.
In 1991 promoveerde hij over het muziekleven in Tongeren (late middeleeuwen - 1797). Zijn verhandeling werd bekroond door de Koninklijke Academie voor Wetenschappen, Letteren en Schone Kunsten van België. Ze vormde het model voor soortgelijk onderzoek waarin hij participeerde in Antwerpen, Brussel, Diest, Gent, Maastricht en andere steden in de Lage Landen. Hij werkte vervolgens als postdoctoraal onderzoeker (FWO, 1991-2000) en als mede-oprichter/coördinator van de Alamire Foundation.
Eugeen Schreurs is hoofdredacteur van de Yearbooks of the Alamire Foundation (samen met B. Bouckaert), van de reeks Monumenta Flandriae Musica en van de reeks Facsimile Editions van uitgeverij Alamire.
Voor een breder publiek organiseerde hij samen met tal van medewerkers wetenschappelijke tentoonstellingen zoals o.m. de tentoonstelling Bedreigde Klanken - Endangered Sounds II (Leuven, 2002).